公益法人・一般法人の税制

１ 公益目的事業と認定された収益事業の取扱い

公益法人は、法人税法上の「公益法人等」に該当し、法人税法に規定する物品販売業、金銭貸付業、運送業、請負業など３４業種の収益事業を行う場合に限り法人税の納税義務が生じます。

ところが、たとえ法人税法上の収益事業に該当する事業であっても、その事業が公益目的事業と認定されている場合には、法人税は課税されません（法人税法施行令５②一）。
これが公益法人の法人税に係る大きな特徴です。

（参考）
今までに公益認定を受けた事例を見ると、従来の概念では法人税法上の収益事業に該当するものであっても、公益目的事業として認定された事例が数多くあります。 具体的には、学術その他公益に資する出版業、文化、体育、福祉などの事業に関する請負業、芸術に関連する興行業、社会的に有為な資格の検定、認証などの事業（技芸教授業）、緊急医療、僻地医療、健康指導など医療・検診事業（医療保健業）等が公益目的事業として認定された結果、法人税法上非課税所得となっている事例があります。

なお、公益目的事業と認定されない収益事業の、２０１２年４月１日以後開始する事業年度から適用される税率は、普通法人同様２５．５％（８００万円以下の部分は１５％）（＊）の法人税が課税され、従前のような軽減税率はありません。

（＊）　２０１２年４月１日から３年間は、復興特別法人税分が加算されます。

２ みなし寄附金制度

公益法人の収益事業に属する資産のうち、その収益事業以外の事業で公益目的事業に該当するもののために支出した金額は、収益事業に係る寄附金の額とみなして、一定の金額の範囲内で損金算入が認められています（法人税法66、租税特別措置法42の３の２）。

この一定の金額とは「所得の金額の５０％相当額」と「公益法人特別限度額」のうち、いずれか多い金額とされています。

この「公益法人特別限度額」は、みなし寄附金の額と公益目的事業実施必要額（当期の公益目的事業に係る費用の額から当期の公益目的事業に係る収入の額を控除した金額）のうち、いずれか少ない金額をいいます。

つまり、公益認定法上収益事業等の利益の５０％は、必ず公益目的事業に支出しなければならないので、最低その額は損金算入を認め、それでも赤字の場合は収支が均衡する金額まで（もちろん、最高は１００％です。）損金算入を認めるというものです。

３ 金融収益非課税

公益法人については、所得税法上の公共法人等に該当しますので、支払を受ける一定の利子・配当等にかかわる源泉徴収所得税は非課税です（所得税法11①）。

１ 法人が寄附する場合

【一般寄附金限度額】
{（資本金等の額×その事業年度の月数÷12）×0.25％＋所得金額×2.5％}×１/4
【特定公益増進法人に対する寄附金限度額】
{（資本金等の額×その事業年度の月数÷12）×0.375％＋所得金額×6.25％}×１/2

なお、公益法人その他公益を目的とする事業を行う法人に対する寄附金で財務大臣が指定したものについては「指定寄附金」（法人税法37③二）として、寄附金全額の損金算入が認められています。

２ 個人が寄附する場合

公益法人は法人税法上の特定公益増進法人に該当しますので、個人が公益法人に寄附した場合、基本的には下記Ａの所得控除が受けられます（所得税78①）。ただし、寄附先の公益法人が、所轄行政庁から税額控除証明を取得している場合は、下記Ｂの税額控除とＡの所得控除のいずれかを選択することができます（租税特別措置法41の18の３）。
所得税率の極めて高い高額所得者を除き、一般的には、税額控除を選択したほうが、寄附者にとって有利です。

　Ａ　寄附金の所得控除
個人が公益法人に寄附した場合、その年中の寄附金（その年分の総所得金額等の合計額の４０％相当額を限度）から２，０００円を控除した金額を所得金額から控除することができます。

　Ｂ　寄附金の税額控除
個人が一定の条件を充足した公益法人に寄附した場合、その年中の寄附金（その年分の総所得金額等の合計額の４０％相当額を限度）から２，０００円を控除した金額の４０％相当額を、その年分の所得税の額からその年分の所得税の２５％相当額を限度として控除されます。
一定の条件を充足した公益法人とは、実績判定期間（直近に終了した事業年度を含む５事業年度＊）において、以下のいずれかの要件を満たす必要があります。

＊　税額控除可能な公益法人の要件
【要件１】
１年間に３，０００円以上寄付した個人、法人が実績判定期間の各年平均で１００人以上いること。
【要件２】
年間収入に占める寄附金等収入の比率が５分の１以上であること。

この要件は、基本的に特定非営利活動法人が認定を取得するための８基準のうち１号基準であるパブリック・サポート・テストと同じ計算方法です。
なお、この要件を充足しているかどうかは、公益認定をした行政庁が判定し、充足している場合には、税額控除に係る証明書を発行してくれます。
その申請手続き等の詳細については、国・都道府県公式公益法人行政総合サイト「公益法人information」を参照してください。

＊　平成23年度～25年度における申請については２事業年度とすることができます。また、設立後日の浅い法人で５年間の事業活動期間に満たない法人は、設立の日から直近に終了した事業年度の終了日までの間で判定されます。

３　相続財産を寄付した場合

相続または遺贈により財産を取得した者（相続人等）が、その取得した財産を公益法人に寄附した場合、その贈与者又はその親族等の相続税または贈与税の負担が不当に減少する結果となると認められる場合を除き、その贈与した財産の価格には相続税または贈与税が課税されません（租税特別措置法70①⑩）。

４　有価証券等実物資産を譲渡した場合

公益法人については、所得税法上の公共法一方、生前に株式など有価証券、土地・建物など不動産や特許権・著作権など無体財産権を公益法人に寄附し、社会のために役立てたいと考える人も増えてきていますが、原則的にはその財産の時価が取得価格を上回っている場合には、その差額（いわば値上がり益）は税法上譲渡者が取得したものとみなして、譲渡所得税（みなし譲渡所得税）が課せられます（所得税法59）。人等に該当しますので、支払を受ける一定の利子・配当等にかかわる源泉徴収所得税は非課税です（所得税法11①）。

しかし、公益法人等に贈与した場合は、一定の条件を満たすものとして国税庁長官の承認を受けることにより、みなし譲渡所得税が非課税となる措置が講じられています（租税特別措置法40①）。
上記３の相続税非課税と異なり、この非課税措置は、公益法人であるということにより自動的に認められるものではなく、個別に寄附を受けた公益法人が、国税庁長官に申請し、承認を受けることが必要となりますので注意してください。

５　地方住民税

都道府県・市区町村が条例で指定する公益法人に対する寄附金（総所得金額等の30％を限度）のうち２，０００円を超える金額の４％（都道府県民税）、６％（市町村・区民税）が、その年分の住民税から税額控除されます（都道府県と市区町村双方が指定した寄付金の場合は１０％となります）（地方税法37の２・314の７）。

現在多くの都道府県では、当該都道府県において主たる事務所を置く公益法人については、包括的に税額控除の対象とする条例を制定しているようですが、市町村・特別区については条例指定をしていないところもあり、寄附者の地方税の取扱いについては各地方自治体に確認する必要があります。